История Центра восходит к середине 80-х годов, когда Назаралиев, тогда еще юный выпускник Мединститута, рискнул лечить своим методом алкоголиков. Риск быстро обернулся ошеломляющей популярностью среди больных. Сначала в крошечном кабинете в подвальчике, затем в нескольких кабинетах еще не признанный властями, но уже известный молодой врач с близкими соратниками утверждает свою победу над зависимостью от наркотиков и алкоголя, не обращая внимания на травлю и насмешки официальной медицины.

В 1989 г. приходит первое подтверждение своей правоты через получение первого авторского свидетельства на свой метод  из ВНИИГПЭ (Всесоюзный Научно-исследовательский институт государственной и патентной экспертизы, Москва).

В 1989 г. - поездка Назаралиева в Якутию к малочисленным народам Севера. На родине эвенков и чукчей доктор пролечил свыше ста алкоголиков и провел общую психотерапевтическую и профилактическую работу. Все заработанные деньги Ж.Назаралиев перечислил в  фонд малочисленных народов Севера. С этого момента был дан старт его благотворительной деятельности.

В 1991 г. - официальная государственная регистрация Центра под названием «Медицинский Центр доктора Назаралиева». Начинается стремительное движение для достижения уровня международных медицинских стандартов во всем: в отношении к личности больного, к лечению, к сервису. Ко всему тому, что является теперь эталоном профессионализма в наркологической практике.

В 1993 г. - первая презентация  и одобрение метода  лечения в Национальном институте по наркомании (NIDA, США). 

Лозунг «Наркомания излечима!» становится профессиональным кредо. Идет скрупулезная интенсивная работа над комплексом подходов к лечению наркомании и алкоголизма, чтобы восстановить не только здоровье, но и личность больного, вернуть его полноценным в общество. Это удается. Больные из всех уголков мира в середине 90-х годов становятся в очередь на госпитализацию в МЦН за 2-3 месяца вперед.

Персонал Центра работает как единый отлаженный механизм. Появляются свои кандидаты, доктора наук. Центр стремительно развивается, расширяет свою материальную базу, растет профессионально, активно выходит на международную арену.

С 1997 года МЦН является коллективным членом Всемирной Федерации Психического Здоровья (Брюссель, Бельгия; Лос-Анджелес, США). В 1999 году Центру присвоен статус академической организации и статус коллективного члена Российской Академии Естественных Наук. С 2000 года МЦН входит в Общероссийскую Профессиональную Психотерапевтическую Лигу, а с 2001 года - в Международный Совет по Алкогольной и Наркотической Зависимостям. На 20 международных конгрессах во всех точках мира звучат доклады о методах лечения в Медицинском Центре доктора Назаралиева.

Сеть представителей и представительств МЦН работает во многих странах мира.

Сейчас Медицинский Центр доктора Назаралиева является самым крупным негосударственным наркологическим стационаром на евразийском пространстве. В его собственности большое 5-этажное здание на 100 коек в Бишкеке и реабилитационная клиника на 80 коек в среднегорной живописной местности в селе Беш-Кунгей.

За годы существования успешно пролечено около 15 тысяч больных со всего света. Больного принимают в клинику и лечат вместе с близким ему человеком (созависимым лицом). Такого не было нигде в мире до практики в МЦН. В стационаре созависимый является первым помощником врача, а после стационара - гарантом удержания бывшего больного от наркотического рецидива.

Двухместные комфортабельные палаты, весь комплекс медицинской помощи для восстановления физического и психического здоровья, специальная диета из первоклассных продуктов, предоставление интереснейшего досуга: выезд на озеро Иссык-Куль, в горы, к горячим источникам, экзотические путешествия к вершинам гор на вертолете, прогулки верхом и многое другое обеспечивают максимальный терапевтический эффект 6-ступенчатого комплексного лечения наркомании и алкоголизма в Медицинском Центре доктора Назаралиева.