Научно-организационный отдел занимается вопросами синхронного и катамнестического анализа (анализ состояния пациента после лечения) эффективности уже существующих в МЦН терапевтических вмешательств, а также организует методическую помощь в разработке новых методов, формирует библиотечный фонд, обеспечивает публикацию трудов МЦН, осуществляет научное сотрудничество с профильными учреждениями других стран, ведет пропаганду достижений МЦН в научной среде, на международных съездах и конференциях. МЦН, имея с 1999 года статус академической организации (диплом № 111), занимается широкой научной деятельностью, активно участвует в Международных конгрессах по линии Всемирной Федерации психического здоровья, Международного Совета по алкогольной и наркотической зависимостям, Международной Ассоциации Трансперсональной психологии и Ассоциации Гуманистической психологии. Отдел обеспечивает планирование и реализацию защиты диссертаций на соискание научной степени международного уровня.

Отдел менеджмента и маркетинга играет важную организационно-аналитическую роль 

в МЦН и решает несколько задач:
Анализ рынка и позиционирование клиники Назаралиева на международном рынке медицинских услуг. Это позволяет расширять ассортимент реализуемых услуг в соответствии с новыми мировыми достижениями в области лечения наркомании и алкоголизма с учетом изменяющихся потребностей пациентов. Данная деятельность обеспечивает стабильность и рентабельность функционирования Центра.
Формирование сети представителей и представительств. За 17 лет своей деятельности МЦН организовал широкую сеть своих представителей в ближнем и дальнем зарубежье. Активно работают представительства МЦН в странах бывшего СНГ, в Германии, США, Греции, Турции, Канаде, Чешской республике, Израиле.
Обмен опытом. Продвижение научных разработок МЦН происходит через Интернет-общение, участие в международных конференциях и симпозиумах, личные контакты и переписку с самыми известными учеными в области наркологии, психологии, психотерапии, психиатрии. Многое дает в этом плане членство в международных тематических ассоциациях и специализированных организациях.
Продвижение услуг МЦН. Проведение рекламных кампаний на местном и международном уровне через Интернет, зарубежные средства массовой информации, переписку с информационными партнерами, различные выставки, фотостенды, выездные конференции, обширные контакты по всему миру. Именно поэтому у нас так много пациентов из стран бывшего СНГ, Германии, США, Турции, Греции, Канады, Чешской республики.
Благотворительная деятельность. В функции отдела входит организация, проведение и материальная поддержка социальных акций, семинаров, бесплатных лекций, концертов, марш-парадов для пропаганды здорового образа жизни и профилактики наркомании и алкоголизма. С той же целью оформляются и распространяются методические пособия для школьников, подростков и студенчества.
Налаживание и поддержка обратной связи с пациентами. Работа проводится с целью поддержки нестационарного наблюдения пациентов и предотвращения рецидивов наркомании и алкоголизма. Сюда относятся телефонные консультации специалистов Центра для оказания помощи и поддержки зависимым от наркомании и алкоголизма людям и их родным.